Tres años después de los eventos de Chicago, San Francisco se ha convertido en la próxima ciudad en instalar ctOS (Sistema operativo central), que conecta a todos con todo. El pirata informático Marcus es castigado por un crimen que no cometió por el ctOS que lo califica como sospechoso...
Watch_Dogs 2 é ambientado na baía de São Francisco e se desenrola sob a pele de Marcus Holloway, um hacker que foi vítima dos algoritmos de previsão de crime do ctOS 2.0 e acusado injustamente de um delito que não cometeu. Agora, ele pretende desligar o sistema de uma vez por todas.