A 115 kilómetros de Mérida se encuentra el sistema de grutas más importante de la península de Yucatán. Su nombre se compone de dos vocablos mayas: Lol Tun, que juntos significan "flor de piedra". Es una zona arqueológica subterránea con rastros de ocupación de los primeros pobladores.
uno de los atractivos naturales de Mérida: las Grutas de Loltún. Fue el hogar de asentamientos de la raza humana desde 9.000 a.C. hasta 1.050 d.C. Además, estuvieron mamuts, bisontes y felinos de aquella época. Tienen una extensión de veinte hectáreas y se conocen 9 entradas para conocerlas.