A partir de 6 metros de profundidade, a Lagoa Misteriosa é considerada uma caverna de gênese freática, isto é, uma cavidade formada pelo fluxo de água do lençol subterrâneo, sendo uma das mais profundas cavernas inundadas do Brasil, atingindo mais de 220 metros de profundidade.
A partir de 6 metros de profundidade, a Lagoa Misteriosa é considerada uma caverna de gênese freática, isto é, uma cavidade formada pelo fluxo de água do lençol subterrâneo, sendo uma das mais profundas cavernas inundadas do Brasil, atingindo mais de 220 metros de profundidade.