Justo cuando Keiichi comenzaba a acostumbrarse a la vida en el campo, se encuentra con la oscura historia detrás de Hinamizawa. Mientras Keiichi va desentrañando este oscuro misterio, descubrirá que sus nuevos amigos podrían no ser lo que aparentan.
Keiichi se siente como en casa rodeado de amigos y de sus seres queridos. Sin embargo, antes del festival Watanagashi, se da cuando de que algunos de los oscuros y misteriosos aspectos del pueblo.