Ulrich, Jeremy, Aelita, Odd Yumi siguen su rutina diaria de como alumnos de Kadic. Pero XANA, la Inteligencia Artificial que fueron capaces de destruir en sus anteriores aventuras, reaparece. ¿Cómo ha sobrevivido esta monstruosidad? Nuestros héroes reactivar el superordenador para volver a Lyoko, descubrir las razones de este resurgimiento y luchar de nuevo el mal que amenaza al mundo virtual.
Después de varios años regresa la 5ta temporada de Code Lyoko llamada Code Lyoko Evolution en esta encuentran un nuevo territorio llamado Cortex y también se integra un nuevo personaje en esta serie decidieron que lo protagonistas serán personajes reales y en el mundo virtual continuan en 3D