A história é sobre Kaname Madoka, uma estudante normal do segundo ano de ginásio de 14 anos que vive uma vida normal, até um estranho encontro acontecer. Ela não sabe se o encontro é coincidência ou se é apenas o destino, mas duas coisas são certas: esse é o momento em que seu destino
Homura parece ter voltado novamente no tempo, mas algo estranho parece estar acontecendo, ao invés de bruxas, ela agora parece lutar contra os “pesadelos” das pessoas, só que ela parece ser a única que percebe que isso não é normal.