El juego empieza con Sly, Bentley y Murray irrumpiendo en el museo nacional de historia de El Cairo para robar y destruir las partes de Clockwerk para que nunca pudiera volver, pero las cosas salieron fuera de lo planeado asi comenzado una nueva historia para nuestra banda de ladrones ☆
Sly, Bentley y Murray están tras las piezas de Clockwerk para destruirlo para siempre, pero las piezas fueron robadas, ahora la banda deben encontrar y robar las piezas de los ladrones y sabotear sus operaciones, mientras Carmelina Fox les pisa los talones, y hacerlo antes de que Clockwerk reviva