Se passa quatro anos depois dos eventos de Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots e foca-se no cyborg ninja de nome Raiden, numa luta contra a autoproclamada empresa militar privada envolvida em actividades terroristas, a Desperado Enterprises.
Jogo do gênero hack and slash, protagonista usa uma katana que fatia literalmente tudo em seu caminho, um jogo com uma trilha sonora Rock e metal insanos