Clannad gira em torno de Tomoya Okazaki,um estudante do terceiro ano do ensino médio odiava sua vida.A mãe de Tomoya, Atsuko,morreu quando ele pequeno,deixando seu pai,Naoyuki, para cuidá-lo.Após o acidente,o pai de dele se tornou viciado em álcool e jogo,passar até uma vida totalmente diferente.