Hace dos años, Jesse liberó a Willy, una orca cautiva. Ahora vive felizmente con sus padres adoptivos. Un día, su hermanastro Elvis, le comunica la muerte de su verdadera madre. Durante el viaje, Jesse vuelve a encontrarse con su amiga Willy y con el Indio Randolph. Una gran amistad se establece entre Jesse y la ahijada de este último.
Dos años después de haberse dicho adiós, el joven Jesse y Willy, la impresionante orca de tres toneladas, vuelven a encontrarse de forma inesperada durante unas vacaciones en el Pacífico. Su feliz encuentro se ve amenazado por una catástrofe.