O mundo, em 2029, se tornou um local altamente informatizado, a ponto dos seres humanos poderem acessar extensas redes de informações com seu ciber-cérebros. A agente cibernética Major Motoko é a líder da unidade de serviço secreto Esquadrão Shell, responsável por combater o crime.
Um clássico do gênero cyberpunk, Ghost in the Shell se passa em 2029, quando os seres humanos e as redes informatizadas estão em simbiose. Motoko é uma agente cibernética que teve o corpo quase que totalmente robotizado, restando apenas um fantasma de sua humanidade pairando sob a casca.