Un grupo de científicos ha estado trabajando en un laboratorio secreto, tratando de crear el Pokémon más fuerte que exista. Para ello, han tomado ADN de una muestra de cabello fosilizada del legendario Pokémon Mew, utilizando el código genético de la evasiva criatura para crear a Mewtwo mediante la ingeniería biológica. Ignorantes del poder de su creación, los científicos y sus laboratorios son destruídos por Mewtwo cuando se despierta. Airado con sus creadores, Mewtwo jura vengarse del mundo...
En esta peli Ash y sus amigos se enfrentaran contra copias de sus pokemons creados por maquinas y el entrenador sera una copia de Mew creado por cientificos queriendo probar que las copias son mejores que los originales. Veanla estuvo muy emocionante