Cuando los investigadores descubren un fósil del Pokémon singular Mew, lo utilizan para llevar a cabo una creación que va en contra de las leyes de la naturaleza: Mewtwo, un Pokémon legendario destinado a ser utilizado como una herramienta de destrucción
Ash, Misty e Brock recebem um convide vindo de um treinador misterioso. Esse treinador é na verdade Mewtwo, um poderoso Pokémon clonado do lendário Mew. Mewtwo planeja destruir o mundo e Ash, Pikachu e seus amigos precisam prevenir essa catástrofe.