Prt.2: A história do jogo é contada em volta do medo e a maldade humana. Durante o percurso, aparece criaturas que se parecem crianças monstruosas e endiabradas, os bloqueios mentais de Jennifer.
Prt.1: Situando-se em 1930, Rule of Rose segue a história de Jennifer, uma jovem inglesa de 19 anos, que vê-se obrigada a recordar memórias traumáticas da sua infância, enquanto vivia em um orfanato “governado” por crianças, que vieram a estabelecer um sistema hierárquico entre si.