Ambientada en 1274 en la isla epónima de Tsushima, el juego gira en torno al samurái Jin Sakai (Daisuke Tsuji), uno de los pocos supervivientes de la primera invasión mongola a Japón. Jin tendrá que dominar un nuevo estilo de lucha, el camino del Fantasma, para derrotar a las fuerzas mongolas.